Le coût global de la phase 1, entre Montpellier et Béziers, est estimé à 2,04 milliards d'euros (montant exprimé aux conditions économiques de janvier 2020).

Ce montant intègre :

• La réalisation de la ligne nouvelle proprement dite ;
• La réalisation des raccordements ferroviaires et des aménagements ferroviaires annexes (sous-stations électriques, bases travaux, bases de maintenance, signalisation...) ;
• L'adaptation des lignes existantes aux jonctions avec la ligne nouvelle (notamment les équipements d'aiguillage, de signalisation, d'alimentation électrique) ; 
• Les autres travaux divers : raccordement au réseau électrique, rétablissement des réseaux et voies de communication interceptés par la ligne nouvelle...
• Les mesures prises pour éviter ou réduire les impacts du projet : environnements naturels et humains, activités agricoles, activités économiques...

Un « protocole d’intention de financement pour la réalisation de la phase 1 de la LNMP » a été signé le 22 janvier 2022 entre l’Etat, les collectivités locales et SNCF Réseau. Il prévoit un financement par l’Etat à hauteur de 40 %, par les collectivités locales à hauteur de 40 % et par l’Union européenne à hauteur de 20 %.

La société de financement de LNMP (SLNMP) a été créée par ordonnance du 2 mars 2022, pour gérer la participation des collectivités territoriales au financement de la phase 1 du projet. Elle regroupe  les 11 collectivités territoriales suivantes :

• La Région Occitanie
• Le Département de l'Hérault
• Le Département de l'Aude
• Le Département des Pyrénées-Orientales
• Montpellier Méditerranée Métropole
• Sète Agglopôle Méditerranée
• L'Agglo Hérault Métropole
• Agglomération Béziers Méditerranée
• Le Grand Narbonne
• Carcassonne Agglo
• Perpignan Méditerranée Métropole

Carole Delga, présidente du Conseil régional d'Occitanie, a été élue à l'unanimité présidente du conseil d'administration de la Société de la LNMP lors du conseil d’administration d'installation de la société de la LNMP le 29 septembre 2022. Philippe Vidal, vice-président du département de l'Hérault délégué à l'aménagement du territoire a été élu vice-président.

La société LNMP a pour mission de contribuer au financement du projet en gérant la participation financière des collectivités territoriales (40 % du coût de la ligne nouvelle). Elle lèvera des emprunts et collectera une taxe spéciale d'équipement. 
Son conseil d’administration est composé d’un représentant de chacune des 11 collectivités territoriales. Il se réunit au moins une fois par semestre. 
La société possède également des compétences en matière de suivi des coûts et des délais, de coordination des acteurs et d’ingénierie territoriale, à travers le travail de 3 commissions : commission du dialogue territorial, commission de l’ingénierie financière et commission des contrats.